恐らく掲示板ログを旧→新に変換するプログラムが、複数回の実行に対応していないんでしょうね。
過去ログが残っていた(事前に変換してあった)だけでも良しとするところでしょう。(^-^)
長い事HPの運営していると、色々ありますよね。日々勉強です。(^-^)b